Nhận thức được tầm quan trọng của hoạt động hợp tác quốc tế, trong 50 năm qua, Viện đã phát triển mở rộng hợp tác quốc tế về KH&CN, góp phần tạo sự thay đổi lớn trong trình độ và điều kiện nghiên cứu trong nước. Viện có mối quan hệ với các nước Nhật Bản, Đan Mạch, Thụy Điển, Pháp, Mỹ, Úc, Hàn Quốc, Trung Quốc, Thái lan…để xây dựng và thực hiện các đề tài, dự án KHCN, gửi cán bộ đi đào tạo và mở rộng mạng lưới.
Trong những năm qua, Viện đã thực hiện thành công hai Dự án tăng cường tiềm lực: Dự án DP/VIE/86/013 (1986-1990) do Chương trình Phát triển liên hợp quốc UNDP tài trợ và Dự án “Tăng cường năng lực Viện Công nghiệp thực phẩm” (2002-2007) do tổ chức JICA Nhật bản tài trợ. Bên cạnh đó, Viện đã thực hiện nhiều dự án, đề tài liên kết khoa học quốc tế về nghiên cứu song phương với các nước Đan Mạch, Thụy Điển, Thái Lan, Nhật Bản, Cộng hòa Pháp, Trung Quốc… Viện đã thực hiện hợp tác nghiên cứu với trường Đại học Tổng hợp Chamers, Thụy Điển về “Thiết kế các enzym thủy phân lignocellulose mới phục vụ sản xuất thức ăn chăn nuôi và cồn nhiên liệu từ phế phụ phẩm nông nghiệp” do Tổ chức hợp tác phát triển quốc tế Thụy Điển (SIDA) tài trợ. Dự án “Vượt rào cản chính sách, thương mại và kỹ thuật để hỗ trợ cải tiến và chuyển giao công nghệ khu vực Nam-Nam: Mô hình sản xuất cồn nhiên liệu từ sắn” do Tổ chức Phát triển Liên hợp quốc (UNIDO) và Quỹ môi trường toàn cầu (GEF) tài trợ cũng được thực hiện thành công.
Viện đã và đang thực hiện 11 nhiệm vụ Hợp tác quốc tế về khoa học và công nghệ theo Nghị định thư với các nước Thái Lan, Malaysia, Trung Quốc, Nhật Bản, Cộng hòa Pháp.
Viện luôn mở rộng quan hệ hợp tác khoa học & công nghệ giữa Việt Nam với các nước ASEAN, các nước khác trong khu vực và trên thế giới.
Lễ ký kết Biên bản ghi nhớ tại Hội nghị đánh giá cuối kỳ dự án JICA
Thành viên ban quản lý dự án UNIDO “Vượt rào cản chính sách, thương mại và kỹ thuật để hỗ trợ cải tiến và chuyển giao công nghệ khu vực Nam- Nam: Mô hình sản xuất cồn nhiên liệu từ sắn” trong khuôn khổ hợp tác giữa UNIDO, Viện Công nghiệp thực phẩm và Đại học King’s MongKut- Thái Lan
Hội thảo “Enzym ứng dụng trong thủy phân, biến đổi và nâng cao chất lượng của lignocellulose”
trong khuôn khổ Dự án hợp tác với Thụy Điển
Các đề tài Nghị định thư và nhiệm vụ hợp tác Viện đã và đang thực hiện trong thời gian vừa qua bao gồm:
- “Nghiên cứu công nghệ sản xuất chất thơm từ các chủng nấm men chuyển hóa chất béo (Oleaginous yeast) ứng dụng trong công nghiệp sản xuất thực phẩm”. Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Pháp (2011 – 2013).
- Nhiệm vụ “Hợp tác nghiên cứu công nghệ sản xuất thực phẩm chức năng từ vi khuẩn Probiotics”. Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Thái Lan (2011 – 2012).
- “Bảo tồn đa dạng sinh học của bánh men rượu truyền thống Việt Nam”. Quỹ phát triển khoa học quốc tế (International Foundation for Science (IFS), Thụy Điển) dành cho các nhà khoa học trẻ tài trợ (2005-2007), (2009-2010)
- “Nghiên cứu thu nhận chế phẩm enzym Tannase từ chủng nấm mốc Aspergillus theo phương pháp lên men rắn và ứng dụng trong công nghiệp sản xuất thực phẩm”. Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Trung Quốc (2011 – 2013).
- “Nghiên cứu công nghệ sản xuất chế phẩm có tác dụng giảm cholesterol và chất màu vàng thực phẩm từ nấm sợi Monascus”. Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Trung Quốc (2009 – 2011).
- “Nghiên cứu công nghệ sản xuất chất bảo quản sinh học bacterioxin bằng phương pháp vi sinh có ứng dụng trong công nghiệp thực phẩm”. Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Nhật Bản (2008 – 2010).
- “Nghiên cứu công nghệ sản xuất rượu vang quả chất lượng cao tại Việt Nam” Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Pháp (2008 – 2009).
- “Nghiên cứu công nghệ sinh tổng hợp enzym glucose oxidaza (GOD) và ứng dụng trong công nghiệp chế biến một số sản phẩm từ quả nhằm đảm bảo ổn định chất lượng chống biến màu, hạn chế mất mùi sản phẩm”. Chương trình Nghị đinh thư hợp tác với Trung Quốc (2006 – 2008)Cán bộ Viện đến thăm Viện Sinh học Thành Đô tỉnh Tứ Xuyên, Trung Quốc